種痘所（日語：しゅとうしょ）是日本為天花預防及治療之目的所設立的醫療機關。特別是1858年所開設的「玉池種痘所」（東京大學醫學部發祥地）是比較有名的種痘所。
日本最初的種痘所、是1849年7月20日由德國醫生奧圖·高特列·莫你克（德語：Otto Gottlieb Mohnike）在長崎所開設。之後、由佐賀藩主鍋島直正將痘苗送給江戶佐賀藩醫及京都日野鼎哉。再由這個痘苗分苗出去、於關東、東北、關西各地開設種痘所。
東京大學源流與前身諸機関 | |
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| 江戶時代・幕末維新期 | 【洋學】天文方⇒蠻書和解御用⇒蕃書調所⇒開成所⇒開成學校⇒大學南校⇒東京開成學校⇒（1877年設置）法科大學・理科大學・文科大學 【西洋醫學】種痘所⇒（幕府移管）西洋醫學所⇒醫學所⇒軍陣病院⇒醫學校⇒大病院⇒醫學校兼病院⇒大學東校⇒東京醫學校⇒（1877年設置）醫科大學 【漢學】昌平坂學問所（昌平黌）⇒昌平學校⇒大學校⇒大學本校⇒（1870年結束、翌年廢止） 【外國語】開成學校等⇒（1873年設立）東京外國語學校（舊外語）⇒（1874年分離設立）東京英語學校⇒（1877年設置）大學預備門 【法學】司法省明法寮⇒法學校正則科（司法省法學校） 【工學】工部省工學寮⇒工學校⇒工部大學校 【農學】內務省農事修學場 |
| 舊「東京大學」期 （1877年 - 1886年） | |
| 「帝國大學」期 （1886年 - 1897年） | |
| 「東京帝國大學」期 （1897年 - 1947年） | |
| 舊制「東京大學」期 （1947年 - 1949年） | |
| 新制「東京大學」期 （1949年 - ） | （1949年設置）東京大學法學部・醫學部・工學部・文學部・理學部・農學部・經濟學部・教養學部・教育學部 【藥學】醫學部藥學科⇒（1958年新設）藥學部 |
| 2010年現在學部 | |
