吳本杰(?—?),字芷獻,湖北鍾祥人[1],清朝官員。
吳本杰於1886年(光緒12年)奉旨接替程起鶚,於台灣地區擔任台灣府知府。而此官職是台灣清治時期此期間,受台灣道制約的台灣地方父母官。(不含台北)