基隆水上警察署,是台湾日治时代基隆市的警察署,位在明治町,现基隆港务警察局之前身。
昭和11年(1936年)设置,管辖基隆市沿岸部,署长由警视任之。基隆市其余区域由基隆警察署管辖。
以下是昭和19年(1944年)管辖区域一览。[1]